Cư Jút theo tiếng Êđê có nghĩa là "núi trúc", do trước năm 1975 toàn bộ khu vực này là rừng bao phủ, các khóm trúc mọc san sát. Về sau cộng đồng người Êđê, M’nông vào đây lập làng, định cư, diện tích rừng trúc ngày càng bị thu hẹp.[4]

Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, địa bàn huyện Cư Jút ngày nay thuộc quận Ban Mê Thuột, tỉnh Darlac.

Sau năm 1975, quận Ban Mê Thuột được chuyển thành thị xã Buôn Ma Thuột, thị xã tỉnh lỵ tỉnh Đắk Lắk. Lúc này, Cư Jút là một xã thuộc thị xã Buôn Ma Thuột.

Ngày 26 tháng 1 năm 1989, xã Cư Jút được chia thành 3 xã: Nam Dong, Ea Pô, Ea T'ling và đến ngày 14 tháng 9 năm 1989, xã Ea T'ling lại được chia thành 3 xã: Ea T'ling, Tâm Thắng, Trúc Sơn.

Ngày 19 tháng 6 năm 1990, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 227-HĐBT[1]. Theo đó, tách 5 xã: Ea T’Ling, Tâm Thắng, Trúc Sơn, Ea Pô, Nam Dong thuộc thị xã Buôn Ma Thuột (gồm 36.400 ha diện tích tự nhiên và 18.379 người) và 35.100 ha diện tích tự nhiên (toàn bộ là đất lâm nghiệp) của xã Đắk Lao, huyện Đắk Mil để thành lập huyện Cư Jút.

Sau khi thành lập, huyện Cư Jút có 71.500 ha diện tích tự nhiên và 18.379 người với 5 xã trực thuộc.

Ngày 26 tháng 5 năm 1992, Ban Tổ chức Chính phủ ban hành Quyết định số 313-TCCP[5]. Theo đó:

• Thành lập xã Đắk Drông trên cơ sở tách thôn 5, thôn 6, buôn Dier, buôn U của xã Nam Dong
• Thành lập thị trấn Ea T’Ling, thị trấn huyện lỵ huyện Cư Jút trên cơ sở 1.200 ha diện tích tự nhiên và toàn bộ dân số của xã Ea T’Ling
• Điều chỉnh 2.010 ha diện tích tự nhiên còn lại của xã Ea T'ling về xã Trúc Sơn quản lý.

Ngày 21 tháng 1 năm 1995, chuyển 3 xã: Hòa Xuân, Hòa Phú, Hòa Khánh của thị xã Buôn Ma Thuột về huyện Cư Jút quản lý.[6]

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Cư Jút có 82.432 ha diện tích tự nhiên và 62.433 người.

Ngày 15 tháng 8 năm 2001, Chính phủ ban hành Nghị định 49/2001/NĐ-CP[7]. Theo đó:

• Thành lập xã Cư Knia trên cơ sở 2.987 ha diện tích tự nhiên và 3.278 người của xã Trúc Sơn
• Thành lập xã Đắk Wil trên cơ sở 42.140 ha diện tích tự nhiên và 5.159 người của xã Ea Pô.

Cuối năm 2003, huyện Cư Jút có 1 thị trấn Ea T'ling và 10 xã: Cư Knia, Đắk Drông, Đắk Wil, Ea Pô, Hòa Khánh, Hòa Phú, Hòa Xuân, Nam Dong, Tâm Thắng, Trúc Sơn.

Ngày 26 tháng 11 năm 2003, Quốc hội ban hành Nghị quyết 22/2003/QH11 chia tỉnh Đắk Lắk thành hai tỉnh Đắk Lắk và Đắk Nông[8]. Theo đó, phần lớn địa bàn huyện Cư Jút thuộc tỉnh Đắk Nông, riêng 3 xã Hòa Xuân, Hòa Phú, Hòa Khánh thuộc địa giới hành chính tỉnh Đắk Lắk và được sáp nhập vào thành phố Buôn Ma Thuột.

Huyện còn lại 71.889 ha diện tích tự nhiên và 77.048 người với 8 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 1 thị trấn và 7 xã như hiện nay.[9]

Ngày 18 tháng 6 năm 2020, Bộ Xây dựng ban hành Quyết định số 818/QĐ-BXD về việc công nhận thị trấn Ea T'ling mở rộng là đô thị loại IV.[10]

Ngày 1 tháng 2 năm 2021, điều chỉnh một phần diện tích của xã Đắk R'la, huyện Đắk Mil về xã Cư Knia quản lý.[11]